過度の虫歯によって菌が神経にまで達してしまう（前述した虫歯の進行状況におけるC3、C4レベル）と、日常の食事はもちろん、何もしていなくても頬やリンパが腫れて常に痛むため、生活に支障が出てしまいます。

そのまま放置しても治ることはありませんので、このような場合は「根管治療」を行います。菌に神経が侵されている場合は神経と神経の通る根管を洗浄・殺菌します。洗浄・殺菌後は殺菌剤を詰めて歯の形態を回復し密封しますが、消毒に必要な時間は菌の浸食具合によって変わります。

また、しっかり治療したとしても一度傷ついた歯や神経は再感染しやすいので、定期的なメンテナンスや自己管理を怠らないように心がけましょう。